Pengelolaan pengaduan pelayanan publik merupakan bagian penting dalam meningkatkan kualitas layanan pemerintah. Terdapat tiga alasan perlunya sarana pengaduan, 1) bahwa masyarakat memiliki hak untuk mendapatkan pelayanan publik yang berkualitas, tidak diskriminatif dan sesuai dengan standar pelayanan yang telah ditetapkan, 2) pengaduan masyarakat merupakan kesempatan bagi instansi pemerintah untuk melakukan evaluasi dan perbaikan, 3) merupakan media bagi pemerintah dalam memberikan jawaban atas keluhan masyarakat.
Pelapor dapat menyampaikan laporan pengaduan ke alamat e-mail, website atau kotak pengaduan dengan mengisi form pengaduan pada counter pelayanan atau fitur pengaduan, dengan menyertakan identitas yang jelas berupa nomor kontak dan nomor KTP/SIM yang berlaku. Komunikasi lebih lanjut atas laporan pengaduan yang disampaikan akan dilakukan melalui email/telpon/whatsapp ke alamat e-mail/telpon/whatsapp pengirim laporan pengaduan. Identitas Pelapor akan dijaga.
Masyarakat juga dapat menyampaikan aspirasinya ke Balitbangtan/BSIP melalui Sistem Pengelolaan Pengaduan Pelayanan Publik Nasional (SP4N) dengan aplikasi Layanan Aspirasi dan Pengaduan Online Rakyat disingkat LAPOR! melalui beberapa kanal pengaduan:
• website www.lapor.go.id,
• SMS 1708 (Telkomsel, Indosat, Three),
• Twitter @lapor1708 serta
• aplikasi mobile (Android dan iOS).
Aplikasi ini merupakan wadah pengaduan nasional yang bisa menampung pengaduan masyarakat, aspirasi, hingga permintaan informasi, sesuai amanat Undang-undang No. 25/2009 tentang Pelayanan Publik, dan Peraturan Presiden No. 76/2013 tentang Sistem Pengelolaan Pengaduan Pelayanan Publik Nasional.
Prosedur pengaduan melalui Lapor! adalah sebagai berikut:
Selain itu, masyarakat juga dapat memanfaatkan WBS. Aplikasi Whistleblower's System (WBS) Kementerian Pertanian adalah aplikasi pengelolaan dan tindak lanjut pengaduan serta pelaporan hasil pengelolaan pengaduan yang disediakan oleh Kementerian Pertanian sebagai salah satu sarana bagi setiap pejabat/pegawai Kementerian Pertanian sebagai pihak internal maupun masyarakat luas pengguna layanan Kementerian Pertanian sebagai pihak eksternal untuk melaporkan dugaan adanya pelanggaran dan/atau ketidakpuasan terhadap pelayanan yang dilakukan/diberikan oleh pejabat/pegawai Kementerian Pertanian. Prosedur pengaduan dilakukan di website WBS dilanjutkan dengan langkah sebagai berikut.